Bereits in der Jungsteinzeit und in der Bronzezeit haben sich Menschen auf und an der Roseninsel in sogenannten Pfahlbauten niedergelassen. An der Nordostspitze der Insel wurden zudem Überreste frühkeltischer Holzbauten entdeckt. Sie stammen aus dem 5. Jahrhundert v. Chr. und stellen damit den jüngsten Beleg für eine prähistorische Seeufersiedlungen dar – die übrigen bekannten Pfahlbausiedlungen sind allesamt älteren Datums. Teilweise reichen die Überreste der prähistorischen Pfahlbauten bis in das 6. Jahrtausend v. Chr. zurück.
Bei den Resten der Pfahlbausiedlung im Umfeld der Roseninsel handelt es sich hauptsächlich um aus dem Boden ragende Pfahlköpfe, liegende Bauhölzer und die sogenannten Kulturschichten. Hierunter werden Siedlungsschichten mit Keramikfragmenten, Steingeräten, Metallgegenständen und verschiedenen organischen Funden summiert. Die Erhaltung der organischen Materialien bietet einzigartige Einblicke in die Lebenswelt prähistorischer Gesellschaften. Darüber hinaus ermöglicht sie jahrgenaue Datierungen der Bauhölzer und der mit ihnen assoziierten Siedlungsschichten.
Die Siedlungsreste im Flachwasserbereich sind häufig nur von einer dünnen Schlick- und Sandschicht bedeckt. Für den Erhalt des Bodendenkmals ist es wichtig, dass diese dünne Schutzschicht nicht zerstört wird. Möglichst wenig Bewegung im Wasser hilft dabei.
Um dieses besondere archäologische Welterbe zu schützen, markieren rote Bojen und Hinweisschilder die Welterbeschutzzone um die Roseninsel, die nicht mit Booten angesteuert werden soll. Auch Schwimmer und andere Wassersportler wie Stand-Up-Paddler sollten die Schutzzone respektieren, bereits das Gehen im Flachwasserbereich ist schädlich für das Welterbe. Daher wird darum gebeten, ausschließlich mit den sogenannten Zillen, hölzernen Fährschiffen nach historischem Vorbild, auf die Roseninsel überzusetzen. Dort können Sie nicht nur den Rosengarten besichtigen, sondern auch das Casino, das unter König Maximilian II. errichtet wurde. Zudem informiert ein kleines Museum über die Geschichte der Insel von der Jungsteinzeit bis zur Umgestaltung der Insel zum wittelsbachischen Sommersitz und den Besuchen von Kaiserin Elisabeth, auch Sisi genannt.